Titre: Bioinformatique et calcul haute-performance
Auteurs: Mathieu Giraud
Ecole: CNRS, Université Lille 1
Résumé: Les données bioinformatiques issues des séquenceurs sont toujours en croissance exponentielle. Aux génomes de référence s’ajoutent maintenant les variations individuelles tout comme les méta-génomes (séquences d’organismes prélevés dans un même milieu).
Nous présenterons dans cet exposé quelques traitements parallèles sur ces données : certains se contentent d’un parallélisme à gros grain, facile à mettre en oeuvre sur cluster ou sur GPU, d’autres demandent des analyses plus pour traiter au mieux les déférents accès mémoire. La comparaison intensive de séquences est souvent au cœur de ces algorithmes, mais d’autres dès surgissent des dernières technologies, notamment avec les séquenceurs de dernière génération. Nous parlerons aussi d’une méthode générique pour certains problèmes de programmation dynamique.
Extrait du sommaire:
1 Séquences génomiques : ADN et protéines
2 Recherches dans les séquences génomiques
3 Architectures spécialisées FPGA
4 Calculs bioinformatiques sur cartes graphiques
5 MUMmerGPU (CUDA)
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